Prvotní sestava japonských plavidel zahrnuje více než 20 lodí, od torpédových a dělových člunů až po torpédoborce a křižníky. Mnoho z nichž se aktivně zúčastnilo jedněch z největších bitev 2. sv. války. Mezi ně namátkou patří lehký křižník Agana, který se účastnil evakuace japonských sil z Guadalcanalu, nebo torpédoborec Júgumo, který doprovázel útočnou skupinu admirála Naguma při úderu na Midway a který byl následně potopen během bitvy o Šalamounovy ostrovy. I když většina z chystaných plavidel patřila císařskému námořnictvu, objeví se ve hře i moderní poválečná plavidla včetně PT-15, tedy posledního torpédového člunu ve službách japonského námořnictva.

Kyslíkem poháněná torpéda typu 93, která Japonci používali na svých torpédoborcích a křižnících během 2. sv. války byla díky své síle, dosahu a rychlosti považována svého času za nejmodernější torpéda vůbec. Po válce jim mnozí historikové začali přezdívat japonská “Dlouhá kopí”. Všichni hráči War Thunderu se budou moci dopodrobna seznámit s tímto historickým tématem - v duchu realistického přístupu War Thunderu byly konstrukce a schopnosti japonského námořnictva přetvořeny do hry co nejautentičtěji. Například Júgumo je vybavena osmi torpédomety ve dvou otočných věžích umístěných uprostřed lodi, které hráči umožňují vyslat plný vějíř torpéd na libovolnou stranu.