O hře Zone of the Enders 3 se spekuluje prakticky od doby, kdy byla oznámena současná generace konzolí. Spekulace navíc už od počátku přiživuje samotný Hideo Kojima, který už několikrát řekl, že by si přál na hře pracovat. Nyní v posledním rozhovoru řekl, že na Zone of the Enders 3 se zřejmě dostane až po dokončení hry Metal Gear Solid: Rising. Kojima tak poukazuje na nedostatek pracovní síly v současnosti, a zřejmě i fakt, že Zone of the Enders 3 přenechá týmu, který v současnosti pracuje na Risingu.