Příběh byl mnohem přímočařejší a pochopitelnější, ale i přesto velmi rozsáhlý. Hlavním hrdinou byl tentokrát pouze Big Boss, genetický otec Solida, Liquida a Soliduse Snaka. Příběh byl zasazen do vrcholu Studené války, do první poloviny 60. let 20. století, a ukazoval důležitou misi Big Bosse, která ho navždy změní, a jemu samotnému později přinese označení "nejlepší voják 20. století". Metal Gear Solid 3 dostal podtitul "Snake Eater", což byl krycí název zmíněné mise. Kojima tím však chtěl také zdůraznit, že hlavním hrdinou bude opět "Snake", a také to, že tentokrát se bude značná část odehrávat v džungli, kde půjde o přežití za každou cenu a kde se Big Boss nevyhne pojídání čehokoliv, co přijde pod ruku. Odtud tedy "Snake Eater"= "pojídač hadů". Kojimovým přáním bylo udělat hru a celkový design mnohem realističtější a uvěřitelnější, než přetechnizované základny na Big Shellu a Shadow Moses. Cílem bylo zachytit džungli jako skutečný živý ekosystém s proměnlivým počasím, živočichy a vegetací. Takové bylo původní přání již u Metal Gear Solid, ale konzole PlayStation 1 a začínající PlayStation 2 ještě nebyly schopné něco takového zachytit. Metal Gear Solid 3: Snake Eater měl být vyvíjen až na PlayStation 3, ale vývoj nové konzole se protahoval, a navíc se ukazovalo, že životní cyklus a úspěšnost PlayStation 2 je mnohem delší, než se původně předpokládalo, a tak se rozhodlo o jeho exkluzivitě a vývoji na PlayStation 2. Tým tak měl v mnoha ohledech ulehčenou práci, protože se pracovalo s dobře známým hardwarem a technologiemi, které byly jen dotaženy k dokonalosti a vylepšeny. Metal Gear Solid 3: Snake Eater tak spatřil světlo světa v poměrně krátké době dvou let a několika měsíců. Hideo Kojima se opět stal hlavním designérem, režisérem, producentem a tvůrcem příběhu. Po ruce měl opět zkušenou dvojici Tomokazu Fukushima a Yoji Shinkawa. Vývoj tak byl už od začátku v dobrých rukou. Práce na Metal Gear Solid 3: Snake Eater probíhaly opravdu velmi rychle, protože už na herní výstavě E3 roku 2003 byly promítány první trailery. Hra vyšla v listopadu 2004 v USA a v prosinci v Japonsku. Evropané si museli jako vždy počkat a to až do dubna 2005.

Grafika Metal Gear Solid 3: Snake Eater byla mnohem detailnější než v Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty. Prostředí a celkový design byly na tehdejší dobu nevídané. Neuvěřitelná hra světla a stínu, prostupujících skrz koruny stromů, vyrazila dech snad každému. Mimika postav byla na vyšší úrovni než v Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty a díky skvěle zvládnutému a vylepšenému motion capture byly všechny pohyby postav velmi reálné, a tak mnoho akčních scén s sebou přinášelo unikátní zážitek. Enginové filmečky byly oproti Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty sice kratší, zato ale krásnější, akčnější a střihem a zpracováním takřka jako film. Při některých cut-scénách bylo možné zmáčknout tlačítko R1 a vychutnat si tak na chvíli scénu očima Big Bosse. Hratelnost doznala velkých změn. Především to byl systém lovení jídla. Když klesl ukazatel staminy, tak postava měla mnohem menší výdrž a výkonnost. Ulovit se díky noži a zbraním dalo vše od ovoce ze stromu až po krokodýla. Další změnou byl kamuflážový index, který procentuálně ukazoval, jak je postava díky mnoha oblečkům a maskám, kamuflována. Kamufláž tak bylo nutné v závislosti na prostředí měnit. Změnu přinesl i systém uzdravování utrpěných zranění a možnost použití speciální bojové techniky CQC. Metal Gear Solid 3: Snake Eater se sice odehrává v 60. letech, ale zbraňový arzenál má původ z doby o 10 let později. K simulaci přežití v džungli přispěla i absence radaru. Oficiální soundtrack složil opět Harry-Gregson Williams společně s dalšími japonskými skladateli. Titulní vokální píseň v podání Cynthie Harrell "Snake Eater" měla zcela záměrně nádech bondovky, protože velký fanda agenta 007 Hideo Kojima, tak chtěl vzdát poctu této legendě, jehož první příběh začal právě v roce 1964, kdy se oparace Snake Eater odehrávala. Na rozdíl od Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty, už bylo v Metal Gear Solid 3: Snake Eater možno, díky mnohem rozlehlejšímu prostředí a systému kamufláže, hru projít za cenu minimálního odhalení a boje. Hra tak byla mnohem více o trpělivosti, než o zkušenosti a zručnosti, jak tomu bylo právě u Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty. Krásná příroda také zaujala mnohem více hráčů, než tajné základny v předchozích dílech.

Velký filosof Hideo Kojima představil v Metal Gear Solid 3: Snake Eater skutečně hluboké, nadčasové a aktuální téma. Základem příběhu je relativismus, myšlenka, že pojmy jako dobro a zlo, spojenec či nepřítel, nejsou absolutní a věčné, ale naopak jsou subjektivní, a tvaruje je prostředí a doba. Toto je v Metal Gear Solid 3: Snake Eater ztělesněno unikátní postavou, kterou je žena, nazývaná "The Boss". Její dramatický, ale zároveň i naivní projev spíše k hráči, než k Big Bossovi, na konci hry, představuje utopickou myšlenku o světu bez hranic. Kojima také postavil předchozí pohled na Metal Gear Solid sérii na hlavu, protože Big Boss je zde představen jako dobrý člověk, který je skutečným hrdinou, stejně jako Solid Snake. To vůbec neodpovídá představě zrádce a padoucha, kterým se později stane. Ale to je jen další ukázka zmíněného relativismu, protože tento špatný názor na Big Bosse byl v předchozích dílech prezentován z pohledu Solida Snaka. Big Boss, Solid Snake, Liquid Snake a Solidus Snake jsou všichni stejní, měnilo se jen prostředí, ve kterém vyrůstali, a které je utvářelo. Oním prostředím, které je tvarovalo, je v Metal Gear Solid 3: Snake Eater míněno především politické klima 60. let 20. století a boj mezi kapitalismem a komunismem. Příběh je neuvěřitelně smysluplným způsobem zasazen do skutečného ovzduší vrcholící Studené války. Kojima musel celou historickou etapu dobře nastudovat a promítl jí do hry naprosto úchvatně.

Příběh se odehrává v roce 1964. Začínající jednotka FOX, spadající pod CIA, dostane za úkol, aby v SSSR zajistila raketového vědce Sokolova, a dopravila ho do USA. FOX vyšle nezkušeného agenta s krycím jménem "Naked Snake". Snake Sokolova zajistí, ale ten mu prozradí, že musel na nátlak vyvinout bojový jaderný tank Shagohood. Při pokusu o dopravení Sokolova do USA je Snake přepaden americkou hrdinkou "The Boss", která zcela nečekaně i se svou jednotkou přejde na stranu odbojného ruského plukovníka Volgina, který chce za každou cenu vyhrát Studenou válku a to i kdyby měl bojovat proti oficiální Sovětské vládě. The Boss Snaka zastaví a zmocní se Sokolova. Volgin ukradne Shagohod a úmyslně vystřelí malou jadernou střelu na ruské území, aby vina padla na USA. Svět stojí na pokraji jaderné války, ale v tajném rozhovoru se prezident USA Johnson a sovětský premiér Chruščov dohodnou o obnovení míru, pokud Američani zabijí The Boss a Volgina. Snake je tak znovu poslán do akce, aby zabil Volgina, zničil Shagohod, přivedl zpět Sokolova a zabil The Boss, což je tak trochu problém, protože je to žena, se kterou Snake žil přes 10 let, během kterých mezi nimi vzniklo velmi silné pouto. To je začátek silného příběhu, během kterého Snake odhaluje vznik a působení organizace zvané "Philosophers", kteří si už kdysi dávno rozdělili svět a založili společné konto na budoucí vývoj jaderných zbraní, vesmírných technologií a speciálních jednotek. Tohoto konta se zmocnil Volgin, přičemž postraním úmyslem USA, SSSR a také Ćíny je zmocnit se právě tohoto konta, které je nazýváno „Philosophers‘ Legacy”. Snake se dozvídá i o tragické úloze The Boss ve špinavé hře vysokých politiků. Kojima tak odhalil vznik a působení "Philosophers", které později nahradí Patrioti, změnu Snaka v Big Bosse a těžkou zradu a sebeobětování The Boss pro svou zemi, i přesto, že se na ní už navždy bude vzpomínat jako na špinavého zrádce.

Metal Gear Solid 3: Snake Eater je mnohými fanoušky považován za nejlepší díl série a získal mnoho ocenění na mnoha herních výstavách a konferencích. Hideo Kojima už natrvalo vybudoval pro Metal Gear Solid pozici jedné z nejúspěšnějších a nejlepších videoherních sérií. Přestože Kojima sám cítil, že je Metal Gear Solid 3: Snake Eater dosud nejlepším dílem v sérii, tak prodeje dosáhly jen 3,7 milionu kusů, což je asi polovina toho, čeho dosáhl Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty. Ani v hodnoceních nebyl Metal Gear Solid 3: Snake Eater úplně stoprocentní, protože plného bodového ocenění se mu v zahraničí nedostalo nikde. IGN udělila 9,6/10, GameSpot 8,7/10, Game Trailers 9,0/10, a uznávaný magazín Edge dokonce jen 8,0/10. To naopak české prostředí chválou nešetřilo - český OPS2M 10/10 a PLAY 97%/100%.

V prosinci 2005 vyšla v Japonsku vylepšená verze Metal Gear Solid 3: Subsistence, která vyvolala nemalé nadšení díky novému online modu a mnoha bonusům. Metal Gear Solid tak bylo vůbec poprvé možné hrát online. V USA se dočkali až v březnu 2006 a v Evropě dokonce až v říjnu. Hlavním lákadlem byla původní Metal Gear série, který byla ve hře obsažena. Ani Metal Gear Solid 3: Snake Eater a ani Metal Gear Solid 3: Subsistance se neobjevily nikde jinde, než na PlayStation 2.

Hideo Kojima v roce 2005 založil v rámci Konami vlastní vývojářské studium "Kojima Productions", které už o rok později vydalo další Metal Gear Solid. Tentokrát však už bez větší účasti samotného Kojimy...